| [ sciEncE ] in KIDS 글 쓴 이(By): hshim (맨땅에헤딩) 날 짜 (Date): 2002년 11월 13일 수요일 오전 06시 26분 29초 제 목(Title): Re: 단백질 형성의 (불)가능성... >물론 원인=>작용자=>결과에서 원인에만 국한하면 환경이 특정기능의 >거대분자를 선택했다고 할 수 있겠지만, 자기 증식하는 작용자가 반드시 >전제되야하고 동일 원인에 대해서도 작용자의 존재방법에 따라 결과는 달라질 >수 있습니다. 예를 들어 ATP나 DNA 분자가(metabolism이 최초 생명체에 반드시 >필요했는지는 모르겠지만) 초기 생명체(자기복제분자)에 선택되었기 때문에 >이후 ATP와 DNA affinity를 보이는 protein들이 "선택압"을 받아 모든 애초 하신 말씀과 잘 매치시키기 힘들지만, 어쨌든 선택압이 효과가 있으려면 자기복제가 전제되어야 한다는 점은 사실입니다. 아직까지 완전히 독립적으로 작용하는 자기복제분자를 만들어낸 사람은 없으므로, 제가 인용한 논문에서는 자기복제가 아니라 실험자가 각 세대를 복제-증식시키는 스텝을 거쳐야 합니다. 따라서 그 논문의 의의는 "기능을 가지는 단백질이 <저절로> 진화할 수 있음을 보인" 데 있지 않습니다. 10^11개 중 하나라는 확률이 불가능할 정도로 낮은 확률이 아님을 보이기 위한 거죠. 애초에 어나니에서 시작된 논점이 그거 아니었습니까? 자기복제 분자가 저절로 생겨날 수 있는 확률에 대한 점은 말씀드렸다시피 abiogenesis에 대해 잘 알지 못하므로 뭐라 할 말은 없습니다만, 최소한 한 번은 일어났어야만 하는 일임에는 틀림 없습니다. 우리는 다 자기복제 비슷한 것을 할 수 있으니까요. >ATP binder가 1개가 아니라 다수개라면 ATP site수는 고정되어 있고 각각의 >binder에 대해 affinity를 다시 계산하면 [total >binder]=[binder-1]+[binder-2] >+[binder-3]+[binder-4] >Kdt=[non-binder][empty ATP site]/[occupied ATP site by total binder] >Kd1=[non-binder][empty ATP site]/[occupied ATP site by binder-1] >만약 [binder-1]=[binder-2]=[binder-3]=[binder-4]면 >[occupied ATP site by binder-1]=1/4[occupied ATP site by total binder] >Kd1=4*Kdt >따라서 affinity는 1/4로 줍니다. 첫째, affinity는 mixture 상태에서 재지 않았습니다. 각각의 클론을 MBP fusion으로 발현시켜서 homogeneous하게 정제해서 측정했죠. Figure 3에 나와있는 숫자들입니다. 둘째, 식을 이렇게 쓰셨어야죠. (편의상 non-binder (free ATP 말이죠?)를 A, empty ATP site를 P, occupied ATP site를 PA로 표기) Kdt = [A][Pt]/[PAt] Kd1 = [A][P1]/[PA1] 그리고 인용한 문단의 7,8번째 줄은 Kd1 - Kd2 = Kd3 = Kd4일 때만 성립합니다만, 뭐 이것도 그렇다는 가정이 생략되었다고 보겠습니다. 그런 경우에, hoeso게스트님의 식은 [Pt] = [P1]일 때만 성립합니다. Mixture 상태였다고 한들, 1/4가 되지 않는 이유죠. 네가지 모두 binder라면 [Pt] = [P1]+[P2]+[P3]+[P4]겠죠. 상식적으로 생각해도, 가령 똑같은 affinity를 가지는 binder 4개를 같은 농도로 섞으면 혼합물의 target binding affinity가 네 배가 될 것 같은가요? 그럼 10 mM짜리 항체 수용액에 있는 항체의 항원에 대한 affinity는 2.5 mM로 녹아있는 같은 항체에 비해 네 배 높다는 얘긴데...-_- 더 쉽게 말해서, 인용한 문단 네번째와 다섯번째줄의 식에서 [empty ATP site]가 서로 다르다는 것을 고려하지 않으셨습니다. [empty ATP site by total binders], [empty ATP site by binder-1]이런 식으로 각각 고쳐 써야 명확하죠. 위에서 말한 대로 네가지 binder들의 Kd값이 같다는 가정이 묵시적으로 존재하므로, [empty ATP site by total binders] = 4[empty ATP site by binder-1] 이런 경우라면 Kdt = Kd1 (= Kd2 = Kd3 = Kd4)라는 상식적인 결론에 도달하게 됩니다. V 무슨 그림이냐고요? * \|/ * 바로 맨땅에 헤딩하는 그림입죠. \ O / 왠지 사는게 갑갑하게 느껴질때 ============== 한번씩들 해보시라니깐요. hshim@scripps.edu |